En el año de 1922 un grupo de personas comenzaron a poblar las colonias que hoy conocemos como General Anaya, Moderna, Postal, Zacahuitzco, Nativitas, Independencia y Portales.
Entre ellos había familias que profesaban la fe evangélica y comenzaron a identificarse unos a otros comenzando así a celebrar cultos en los hogares con el propósito de alabar a Dios, el mover de Dios fue creciendo y el 4 de mayo de 1927 se inaugura el primer templo que los hermanos de diversas denominaciones evangélicas deciden nombrar IGLESIA CRISTIANA INTERDENOMINACIONAL, ya que ellos no deseaban pertenecer a ninguna de las denominaciones existentes.
La palabra interdenominacional les pareció adecuada porque quiere decir entre denominaciones o en medio de ellas.
El gobierno de México acordó que todos los ministros de culto deberían registrarse en un padrón a efecto de tener control de sus actividades religiosas y en cumplimiento a tal disposición, en los últimos días del mes de diciembre de 1931, los ancianos Heliodoro Flores y Pedro Galván registraron como Pastor al Hno. Josué Mejía Hernández.
El Hermano Josué Mejía fue el primer Pastor de la Iglesia y bajo su pastorado recibió de parte de Dios el cuerpo de doctrina básica que sustenta la Iglesia. Él fue un hombre de Dios, llamado a las regiones celestes el 5 de septiembre de 1950. El hermano Josué entrega como fruto más de 120 Pastores y numerosas iglesias y misiones.
El Hermano Felipe Sánchez Muñíz fue llamado por voluntad divina a ser el siguiente Pastor de la Iglesia Cristiana Interdenominacional y bajo su pastorado, que duró de 1951 a 1998, la Iglesia creció exponencialmente, entregando el fruto de miles de almas salvadas y más de 1200 congregaciones en casi todo México y en los Estados Unidos de América. El hermano Feli, como se le decia de cariño, fue llamado a las mansiones celestes el 1 de noviembre de 1998.
Desde ese entonces estamos siendo pastoreados por nuestro Hermano Aarón Cortés Hernández quien fue llamado a ser el Pastor de la Iglesia por medio de profecía en el marco de la Reunión General de Pastores en julio de 1999.
Nuestra Iglesia sigue la voluntad divina y creemos firmemente en la segunda venida de nuestro Señor Jesucristo; entretanto Él viene por su Iglesia, trabajamos en la Gran Comisión y obervamos el Gran Mandamiento.